e bon fonctionnement de l'hospice est confié, toujours selon les voeux de la reine, à un maître de l'hôpital, un économe et un receveur pour son administration et à des moines et des soeurs soumis à la règle de saint Benoît, pour les soins aux malades.
Il en sera ainsi jusqu'à la Révolution qui fera de l'établissement une institution communale dont le dirigeant sera le maire de Tonnerre.
Le bâtiment va donc traverser les siècles, résistant miraculeusement aux incendies, aux pillages   et aux bombardements, mais, paradoxalement, ne pourra lutter contre un abandon progressif qui le mènera à un projet de destruction au début du XXXe siècle. Depuis 1650, la salle des malades est désertée  car trop contraignante à chauffer et à entretenir.
Elle devient une sorte de cimetière municipal  où il est bon de se faire inhumer lorsque l'on est un notable de la ville.

arguerite de Bourgogne, née en 1249, est la fille d'Eudes, Duc de Bourgogne, dont elle reçoit en héritage le comté de Tonnerre.
En 1268, elle épouse Charles 1er d'Anjou frère du roi frère du roi Louis IX, lui-même roi de Naples, de Sicile et plus tard de Jérusalem.
A la mort de son époux en 1277, Marguerite laisse le royaume aux mains de son beau-fils, Charles II, abandonne les fastes de la cour et se retire dans son domaine de Tonnerre avec deux de ses proches : Marguerite de Beaumont, princesse d'Antioche et de Tripoli et Catherine de Courtenay, impératrice de Constantinople.
Elle y vit de façon pieuse et consacre son temps aux nécessiteux et aux malades de la ville
En 1293, elle décide de construire sur ses terres un hospice où seront observées, comme elle l'explique dans la charte de fondation, les sept oeuvre de de miséricorde, à savoir "bailler à manger à ceux qui ont faim et à manger à ceux qui ont soif", recevoir les étrangers et les pèlerins et les héberger", "vêtir les nus, visiter les malades",  "consoler les prisonniers et ensevelir les morts".
Elle participe d'ailleurs activement à cette tâche puisqu'elle fait construire ses appartements à côté  de la salle des malades et les relie par une galerie de bois.
Elle meurt le 4 septembre 1308, jour où l'on continue à célébrer une messe chaque année en son honneur, et se fait inhumer dans le choeur de l'Église de l'hôpital.
 

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