e musée est particulièrement riche pour un centre hospitalier , puisqu'il recoupe près de sept cents ans d'histoire, sociale, religieuse, médicale et domaniale. Sa visite offre un étonnant voyage dans le temps. Elle débute par la salle des chartes consacrée à l'époque de marguerite de Bourgogne; où sont exposés, entre autres, la charte de fondation du vieil hôpital, le testament de la reine, ses bijoux, une statue à son effigie datant du XIIIe siècle et les vitraux d'origine de l'Hôtel Dieu. .

Suivent les salles des objets et ornements religieux, principalement centrées sur la Renaissance jusqu'au XIXe siècle, avec des tabernacles du XVe siècle , des chasubles du XVIe siècle, les reliques de divers saints..

L'étage est consacré plus spécifiquement à l'administration hospitalière et la médecine, avec la reconstitution d'une salle de conseil, d'une chambre de malade du XIXe siècle, d'un bloc opératoire du début XXe et l'exposition de nombreux outils de pharmaciens et d'apothicaires, comme des pots à pharmacie, des trébuchets et des codex qui nous livrent des recettes intéressantes tel celui de l'élixir de longue vie.